As discussões a respeito da Emenda Constitucional (EC) nº 29 ainda não cessaram. Em razão das divergências que a cercaram em 2001, a Câmara dos Deputados encaminhou consulta ao Tribunal de Contas da União (TCU) a respeito da base de cálculo sobre a qual deveria ser aplicada a variação nominal do PIB na definição dos valores mínimos do orçamento do Ministério da Saúde para o período 2001/2004.