Este artigo apresenta os debates e as decisões do Conselho Nacional de Saúde, durante o ano de 2004, voltados para diversos e importantes, aspectos políticos e administrativos do Sistema Único de Saúde, dos quais destacam-se os seguintes: a) conclusão do relatório da 12a Conferência Nacional de Saúde; b) acompanhamento do processo de planejamento e execução orçamentária dos recursos federais do SUS; c) aprovação da política de assistência farmacêutica do SUS; e d) aprovação das diretrizes para projetos relacionados com genética humana.